Протоиерей Иоанн Лихачев родился в 1875 году в селе Алешино Московской губернии (современный Пушкинский район Московской области) в семье священника Николая Лихачева.
Окончил Московскую духовную семинарию.
Отец Иоанн служил в Екатерининской Матросской богадельне в Москве. В 1913 году священник основал «Общество воспитания детей улицы», которое имело приют (в советское время превращенный в детский дом имени Бебеля), чулочную мастерскую и летнюю земледельческую колонию.
Из-за активной социальной деятельности, священник Иоанн Лихачев был в Москве известным человеком. Он был знаком с датским писателем и переводчиком Петром Ганзеном (1846-1930) и состоял с ним в переписке, узнавая о том, как заграницей помогают попавшим в беду детям.
В 1919 году отец Иоанн был арестован в первый раз и обвинен «в контрреволюционной деятельности», но вскоре был освобожден. Предположительно, в этом же году был возведен в сан протоиерея.
После революции священник не прекратил своей деятельности. 15 октября 1924 года он письменно обратился к наркому просвещения РСФСР Анатолию Васильевичу Луначарскому (1875-1933) с просьбой создать в Москве «Общество воспитания детей улицы» по примеру дореволюционной, но с учетом государственных изменений. Сам отец Иоанн объяснял в письме, что у него есть опыт работы с беспризорниками, предоставил отчет о проделанной работе и приложил Устав организации. Также пастырь объяснял, что в его обществе дети смогут получить не только кров и еду, но навык в каком-нибудь ремесле. Луначарский ничего не ответил, но письмо переслал в Главное управление социального воспитания и политехнического образования.
9 декабря того же года отец Иоанн послал подобное же письмо в Комиссию по улучшению жизни детей при ВЦИК. 27 декабря на заседании президиума коллегии Главного управления социального воспитания были рассмотрены прошения священника, но они не были удовлетворены из-за того, что уже тогда власть не разрешала Церкви заниматься благотворительностью и социальной работой.
В 1927 году протоиерей Иоанн был арестован во второй раз и обвинен «в сокрытии церковных ценностей», но вскоре был освобожден. Был некоторое время клириком храма Живоначальной Троицы в Грязех и настоятелем храма апостола Иакова Заведеева в Казенной слободе.
Последнее место служение отца Иоанна – храм иконы Божией Матери «Знамение» в селе Перово (ныне – один из районов г. Москвы), где он был настоятелем. В этом же селе священник и проживал.
23 августа 1936 года протоиерея Иоанна Лихачева арестовали в третий раз, приговорили к трем годам в Исправительно-Трудовом лагере и отправили в Томскую колонию массовых работ (КМР-2). Спустя год, 9 октября 1937 года, священнослужителя вновь арестовали и обвинили «в контрреволюционной деятельности». Виновным себя не признал.
28 октября 1937 года был приговорен к высшей мере наказания. 9 ноября того же года протоиерей Иоанн Лихачев был расстрелян и погребен в безвестной могиле.
В мае 1959 года отца Иоанна реабилитировали по последнему делу, а 25 октября 1995 года Прокуратура г. Москвы – по делу 1936 года.